Фильм снят по мотивам повести Уильяма Сарояна Что-то смешное (The Laughing Matter).

Рабочее название фильма — Запах камня — в процессе работы было заменено на Изгнание, которое, по мнению авторов, наиболее точно выражает философскую концепцию фильма.

Когда после проб было решено утвердить на роль Веры актрису Шведского королевского театра "Драматен" Марию Бонневи, возникла сложность: по контракту с театром Мария должна была весь август и сентябрь 2005 года репетировать в новом спектакле по пьесе Августа Стриндберга Фрёкен Жюли. Премьера спектакля была уже анонсирована. "Когда мы стали искать способ, как сделать так, чтобы Мария смогла участвовать в съемках, мне сказали: этот вопрос тебе придется решать с премьер-министром", — вспоминает продюсер Дмитрий Лесневский. По шведским законам спектакль не может быть отменен, если на него продан хотя бы один билет. Лесневский предложил директору театра выкупить билеты на все премьерные спектакли с участием Марии Бонневи. Но, к сожалению, хотя до премьеры оставалось еще несколько месяцев, 7 билетов были уже проданы. И все же решение было найдено: чтобы дождаться Марию, съемки фильма пришлось перенести ровно на год.

В фильме нет каких-либо явных признаков, позволяющих точно определить место и время событий. Изначально авторы даже не были уверены, на каком языке они будут снимать картину. В итоге оригинальный текст звучит на русском, и даже шведской актрисе Марии Бонневи пришлось учить свою роль по-русски.

При озвучивании текст Веры (героини Марии Бонневи) был продублирован Еленой Лядовой. Поиски актрисы для дубляжа шли несколько месяцев, параллельно с монтажом картины. Было прослушано более восьмидесяти кандидатур. Чтобы не быть предвзятым, режиссер решил, что все они инкогнито для него озвучат по две ключевые сцены. После чего он прослушал записи, и выбрал для последнего этапа проб несколько голосов. Окончательный выбор пал на Елену Лядову: ее голос, по мнению режиссера, идеально подходит к тому образу, что создает Мария Бонневи в роли Веры.

Съемки фильма проходили в нескольких странах — во Франции и Бельгии, где снимались городские экстерьеры, в России, в Москве — павильонные, интерьерные съемки, а также в Молдове, где специально для съемок был построен дом, мост через овраг, церковь, а также кладбище рядом с церковью. Особенно сложно оказалось спроектировать церковь и кладбище — они не должны были содержать очевидных признаков принадлежности какой-то определенной конфессии.

Церковь, как и дом на холме, в кадре должны были выглядеть очень старыми, что подразумевало тщательную работу декораторов с фактурами. Для этой задачи в команду художников были приглашены немецкие специалисты, которые с помощью современных технологий сумели сделать "качественный замшелый камень" и "состарить" дерево.

103 дня – общее количество съемочных дней Изгнания. Первый блок съемок состоялся осенью 2005 года. В Бельгии и во Франции были отсняты все эпизоды городских экстерьеров, проезды машин, прогулка Веры с Робертом по набережной, эпизод возле морга и в его интерьере. Экспедиция длилась две недели октября 2005 года. Второй блок съемок состоялся спустя 8 месяцев, в июне 2006 года, в Москве, в декорациях павильона. Второй этаж загородного дома Алекса: детская, комната Отца; интерьер квартиры Роберта; весь интерьер городской квартиры Алекса и Веры; интерьер дома Виктора и Лизаветы: кухня, гостиная, где дети собирают паззл Благовещения и детская; гостиничный номер Марка и даже вагон поезда, в котором семья Алекса путешествует в самом начале фильма. После незначительной паузы, отданной на транспортировку материалов и оборудования, в середине июля 2006 года группа переехала в Молдову, где вплоть до начала октября снимались основные эпизоды фильма.

Для того, чтобы не использовать компьютерный способ цветокоррекции и псевдоанаморфирования, а использовать прямую печать с негатива, другими словами, - снять фильм в формате 2.35, группа арендовала камеру и анаморфотную оптику у английской компании JDC, руководимой Джоу Дантоном, специалистом, которого мир кино знает, как "короля анаморфота".

Одна треть пленки, затраченной на съемки фильма Изгнание, а именно — 20.000 метров Кодака, была подарена Луиджи де Лаурентисом в Венеции, в 2003 году, в качестве приза за лучший режиссерский дебют (Возвращение). Вторая треть тоже явилась премией за фильм Возвращение. Сертификат на 17.000 метров негативной пленки Кодак вручила Киноакадемия Ника за лучший российский фильм 2004 года.